Dưới thời Pháp thuộc, địa bàn phường Thạnh Xuân hiện nay tương ứng với hai làng Quới An, An Xuân và một phần làng Thạnh Phước thuộc tổng Bình Trị Thượng, quận Gò Vấp, tỉnh Gia Định. Về sau, chính quyền sáp nhập hai làng Quới An và An Xuân thành làng Quới Xuân, sáp nhập hai làng Thạnh Phước và An Lộc thành làng Thạnh Lộc Thôn.

Sau năm 1956, các làng được gọi là xã, Quới Xuân và Thạnh Lộc Thôn là hai xã thuộc quận Gò Vấp. Năm 1960, chính quyền Việt Nam Cộng hòa sáp nhập xã Quới Xuân vào xã Thạnh Lộc Thôn.

Sau năm 1975, xã Thạnh Lộc Thôn được đổi tên thành xã Thạnh Lộc và được sáp nhập vào huyện Hóc Môn, Thành phố Hồ Chí Minh.

Ngày 6 tháng 1 năm 1997, Chính phủ ban hành Nghị định số 03-CP[1]. Theo đó, chuyển xã Thạnh Lộc về Quận 12 mới thành lập và thành lập phường Thạnh Xuân thuộc quận 12 trên cơ sở 958 ha diện tích tự nhiên và 10.616 người của xã Thạnh Lộc.